โครงสร้างแบบ Physical ของ Active Directory นั้นจะถูกใช้ ในมุมมองที่แตกต่างไปจากโครงสร้างแบบที่เป็น Logical โดยเราจะใช้โครงสร้างในการทำงานนี้ กับตัวเครื่องที่เป็นไคลเอนต์และเซิร์ฟเวอร์มีการส่งข้อมูลผ่านเน็ตเวิร์กกันอย่างไร ซึ่งผลที่ได้ก็คือ เราสามารถกำหนดให้มีการส่งข้อมูลได้อย่างเหมาะสม ไม่ทำให้ช่องทางสื่อสารของระบบคับคั่ง โดยเราสามารถพิจารณาโครงสร้างแบบ Physical ได้เป็นลักษณะต่างๆ ดังนี้
- โดเมนคอนโทรลเลอร์ (Domain Controllers)
โดเมนคอนโทรลเลอร์ คือ เครื่องที่ติดตั้ง Windows Server 2003, Windows Server 2000 หรือ ndows NT เพื่อใช้ทำหน้าที่เป็นเซอร์วิส ที่เรียกว่า Directory Services ในโดเมนคอนโทรลเลอร์แต่ละเครื่อง จะมีส่วนที่ใช้เก็บข้อมูลและสามารถเรพลิเคตกันและกันเพื่อให้ข้อมูลตรงกันอยู่เสมอ นอกจากนั้นโดเมนคอนโทรลเลอร์หนึ่งเครื่องก็สามารถให้บริการได้ในหนึ่งโดเมนเท่านั้น แต่ในทางกลับกัน ในหนึ่งโดเมนมีโดเมนคอนโทรลเลอร์ได้หลายเครื่อง
- ไซต์ (Active Directory Sites)
ไซต์ คือ กลุ่มของเครื่องคอมพิวเตอร์ ที่ติดต่อกันบนระบบเน็ตเวิร์กที่มีประสิทธิภาพที่ดี โดยจะต้องมีโดเมนอคอนโทรลเลอร์อย่างน้อยหนึ่งตัวภายใจแต่ละไซต์ทำหน้าที่ให้บริการ ซึ่งประโยชน์ที่ได้รับก็คือสามารถลดปริมาณข้อมูลที่ใช้ติดต่อระหว่างไคลเอนต์กับโดเมนคอนโทรลเลอร์ ที่อยู่ต่างไซต์กัน ในเวลาที่มีการล็อกออน เพราะเครื่องไคลเอนต์จะติดต่อกับเครื่องโดเมนคอนโทรลเลอร์ที่อยู่ในไซต์เดียวกัน นอกจากนั้นก็เพื่อให้เราสามารถควบคุมการเรพลิเคตข้อมูลระหว่างเครื่องโดเมนคอนโทรลเลอร์ที่อยู่คนละไซต์