ใน Windows Server 2003 นั้น ให้เครื่องมือหลายตัวทั้งแบบ ที่เป็น Graphics User Interface (GUI) และคอมมานด์ไลน์ (Command-line) เพื่อทำงานกับ Active Directory โดยมีรายละเอียดดังนี้
Active Directory Users and Computers
ใช้ทำงานกับออบเจคที่เก็บใน OU และรายชื่อผู้ใช้ รายชื่อของกลุ่มเครื่องคอมพิวเตอร์ และทรัพยากรในระบบ
Active Directory Domains and Trusts
ใช้ในการควบคุมและจัดการกับความสัมพันธ์ระหว่างโดเมนที่อยู่ในทรีและฟอเรสต์เดียวกัน และรูปแบบของทรัสต์ระหว่างโดเมนต่างๆ
Active Directory Sites and Services
ใช้ทำงานกับโครงสร้างของไซต์และเครื่องโดเมนคอนโทรลเลอร์ประจำไซต์ รวมทั้งซับเน็ต และเงื่อนไขการเชื่อมต่อระหว่างเครื่องที่อยู่ในไซต์เดียวกันและระหว่างไซต์
Active Directory Schema
เพื่อดูและจัดการกับคลาสและแอตทริบิวต์ของออบเจคทั้งหมดของ Active Directory
ADSI Editor
โครงสร้างในแบบของออบเจคในฐานข้อมูลได้อีกด้วย ซึ่งจะต้องติดตั้งจากแผ่น CD ของ Windows Server 2003 ในโฟลเดอร์ \Support\Tools
นอกจากนั้นเรายังสามารถใช้ MMC สร้างสแนปอิน เพื่อรวมเครื่องมือต่างๆ ไว้ในหน้าจอเดียวกัน
ส่วนเครื่องมือในนี้เป็นคำสั่งที่ใช้งานผ่านคอมมานด์ไลน์
DSADD ใช้เพิ่มออบเจค เช่นชื่อรายชื่อผู้ใช้เข้าสู่ Active Directory
DSMod ใช้แก้ไขออบเจค เช่นชื่อรายชื่อผู้ใช้เข้าสู่ Active Directory
DSQuery ใช้คำสั่งนี้เพื่อค้นหาข้อมูลที่ต้องการจาก Active Directory
DSMove ใช้เคลื่อนย้ายออบเจค เช่นชื่อรายชื่อผู้ใช้, กลุ่มของผู้ใช้ ไปยังตำแหน่งต่างๆ ใน Active Directory
DSrm ใช้ลบออบเจคออกจาก Active Directory
DSget ใช้แสดงแอตทริบิวต์ของออบเจคใน Active Directory
DSVDE ใช้นำเข้าและส่งออกข้อมูลใน Active Directory ด้วยไฟล์ที่มีนามสกุล Comma Separate Value (CSV)
LDIFDE ใช้งานคล้ายกับ CSVDE แต่สามารถแก้ไขข้อมูลได้ด้วย